土壤診斷還應查看土壤表面。該方法是將患病植物的田地與正常植物的鄰近土壤田地進行比較，以查看是否存在差異。如果是鹽堿危害，則在一般植物病害區的地塊表面會有更多的鹽分累積或明顯的鹽分偏移，并可以初步確認診斷。但是，對于土壤養分，植物表現出缺乏某些養分或中毒的癥狀。肉眼判斷是不行，有癥狀區域的土壤表面與正常區域之間沒有差異。

診斷時，不僅是農作物的地上部分和土壤表面，還包括農作物的地下部分的癥狀和土壤狀況，即從農作物和土壤中分析病因。從總體上講，更正確地獲得了土壤與農作物之間的生理協調關系。如土壤排水不良，通透性差，土壤中的有毒物質容易積聚在表層，一般農作物的根系又小又短。

在這種情況下，即使少量的新根是白色或棕色，而大多數根是黑色或爛了，整個農作物也會顯得脆弱或枯萎。當土壤干燥時，根部吸收水分進入深層土壤，并且根部分布較深。當土壤表面潮濕時，土壤溫度較低。但是，根系很短，并且大部分分布在表層。只有質地輕薄或深耕的土壤和根系才更均勻地分布。側根很多，表皮光滑且無彎曲變形。 由上可知，作物根系的生態變化是土壤某些特征的客觀反應，是土壤診斷的重要方面。